DeepPhe: um sistema de processamento de linguagem natural para extrair fenômenos de câncer de registros clínicos.

É necessária uma informação precisa do fenótipo para compreender os efeitos das alterações genéticas e epigenéticas sobre o comportamento e a capacidade de resposta do tumor. A extração e representação de fenótipos de câncer atualmente é realizada principalmente manualmente, dificultando a correlação de dados fenotípicos com dados genômicos. Além disso, os dados genômicos estão sendo produzidos a um ritmo cada vez mais rápido, exacerbando o problema. O software DeepPhe permite a extração automatizada de informações fenotípicas detalhadas de registros médicos eletrônicos de pacientes com câncer. O sistema implementa métodos avançados de processamento de linguagem natural e conhecimento em uma arquitetura modular flexível e foi avaliado usando um conjunto de dados anotado manualmente dos pacientes com câncer de mama da Universidade de Pittsburgh Medical Center. A plataforma resultante fornece métodos computacionais faltantes e críticos para a fenotipagem computacional. Trabalhando em conjunto com a análise avançada do sequenciamento de alto rendimento, essas abordagens acelerarão ainda mais a transição para o tratamento preciso do câncer.

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